化橘红主要用途是化痰理气，以治疗风寒咳嗽、痰多为主，现在也常用其治疗有喉咙发痒、痰多症状的慢性支气管炎、哮喘等疾病。很多止咳化痰名方，如杏苏散、止嗽散中都有橘红。橘红丸、橘红痰咳液、橘红口服液、橘红枇杷胶囊等中成药也在临床上用于化痰。

除了是一味化痰良药，化橘红还兼有理气健脾、消食醒酒、消油腻、解毒的功效，可用于治疗呕吐、积食和饮酒过度引起的不适、长期胃痛等，效果较好。化橘红一般在汤剂中的用量为3~10克，不同人群的具体用量应遵医嘱调整。

由于化橘红味辛，偏于发散、易耗气，同时性偏温燥，易损伤津液，因此阴虚燥咳、痰中带血、久咳气虚的患者一般不宜使用化橘红及含化橘红的止咳化痰药。不对症或过量使用可能引起恶心、呕吐、烦躁、精神不振等症状。如果长期使用这类温燥药品，还易导致便秘。